Les origines du moulin semble remonter à la fin du XIVe. Toutefois, nous ne connaissons pas la date exacte de sa construction.
Au début du XXe, il s'agit d'une petite minoterie qui ne cessera d’être modernisée jusqu'au début des années 50. Le moulin fermera définitivement ses portes en 1961 avec Paul Carrouée, dernier meunier de Maupertuis. A sa mort, en 1987, les bâtiments sont mis en vente.
En 1989, avec l’aide de partenaires (Ministère de la Culture, Fondation «Pays de France » du Crédit Agricole, Office du Tourisme de Donzy, FOL, CAMOSINE), l’Association Culturelle du Donziais (ACD) achète le moulin pour le sauvegarder et le transformer en écomusée. Tous ces partenaires sont réunis au sein de l’Association pour la Promotion du Site du Moulin de Maupertuis: A.P.S.M.M.
En juillet 1991, l'ensemble du moulin est ouvert au public.
Pratiquement tout le matériel du moulin est d’origine et en état de marche.
Les broyeurs à cylindres et des tamis datent de la dernière décennie du XIXe.
Cependant, au début des années 90, un élément central du moulin est absent : la roue. Elle a été démontée deux décennies auparavant.
En 1992, la décision est prise : il faut en reconstruire une. Au terme de six mois de travaux, en octobre 1992, la roue du moulin tourne !
Depuis 1990, le moulin de Maupertuis accueille des touristes, mais aussi de nombreuses écoles, attirées par la qualité et la diversité des animations et des ateliers que nous proposons.
Les activités de l’APSMM sont régulièrement soutenues par
la Communauté de Communes en Donziais
et la municipalité de Donzy.